המשק החקלאי בכפר הנוער ויצו גן ונוף הינו משק לימודי משגשג המורכב ממספר ענפים: מרחב זואולוגי/פינת חי, כלבייה, מעבדה לתרביות רקמה (צמחיות), בתי צמיחה וגידול (חממה לצמחי בית וגן + חממה הידרופונית), נוי.
ענפי המשק החקלאיים בכפר הנוער ויצו גן ונוף מכוונני למידה. בכל ענף כיתת לימוד והתוצרים הינם תוצרי למידה. במשק החקלאי מכינים את החניכים למבחני מעקב, המקנים לחניך יחידת בגרות אחת מתוך 5 היחידות, בלימודי החקלאות והביולוגיה. בנוסף במשק מתבצעות עבודות חקר ברמה של עבודות פרויקט בהיקף של יחידת בגרות אחת ועבודות גמר צמודות ברמה של 5 יחידות לימוד.
כל תלמידי כפר הנוער ויצו גן ונוף עוברים הכשרה/התמחות אחת לשבוע בענפי המשק השונים בהיקף של כ- 4 שעות לימוד החל מכיתה ט' (לפרטים נוספים על כל ענף בנפרד יש להיכנס ללשונית הענף).